- สมอง
- กระดูกสันหลัง
- อวัยวะในช่องท้อง อวัยวะในอุ้งเชิงกรานและเต้านมสตรี
- ตรวจท่อทางเดินน้ำดี และถุงน้ำดี (MRCP)
- ตรวจกระดูกสันหลัง ระบบกล้ามเนื้อ กระดูก และข้อต่าง ๆ
- ตรวจหลอดเลือดแดงและหลอดเลือดดำของอวัยวะต่างๆ (MRA ,MRV)
- การตรวจพิเศษ เช่น

MR Spectroscopy ใช้ในการตรวจหาสารชีวเคมีในเนื้อเยื่อได้
     - สามารถแยกเนื้องอกกับเนื้อปกติ

Function MRI เป็นการตรวจเพื่อดูการทำงานของอวัยวะ
     -ใช้ในการตรวจการทำงานของสมองส่วนสั่งการที่ควบคุมการทำงานของ กล้ามเนื้อ (motor cortex) , ส่วนรับความรู้สึก (sensory cortex) และส่วนความจำและภาษา ( memory and language center)

Perfusion เป็นการตรวจดูการเข้าออกของสารเพิ่มความแตกต่าง ในเนื้อเยื่อ
     - ตรวจปริมาณของเลือดที่เข้าไปเลี้ยงสมอง และสามารถแยกว่าสมองส่วนนั้นตายแล้วหรือเพราะเลือดไปเลี้ยงไม่พอเพียง และยังมีโอกาสช่วยได้ในกรณีหลัง

Diffusion เป็นการตรวจดูการเคลื่อนที่ของโมเลกุลของน้ำในเนื้อเยื่อ
      -สามารถตรวจพบสมองขาดเลือดไปเลี้ยงระยะแรกได้ดีและเร็วกว่าวิธีอื่น