ภูมิแพ้เกิดจากปฏิกิริยาของภูมิคุ้มกันในร่างกายมีการตอบสนองที่มากผิดปกติต่อสารก่อภูมิแพ้ที่เข้าสู่ร่างกาย ทำให้เกิดการอักเสบเรื้อรังที่อวัยวะต่างๆ เช่น ผิวหนัง เยื่อบุจมูก เยื่อบุตา เยื่อบุทางเดินหายใจ หรือเยื่อบุทางเดินอาหาร เป็นต้น

ปัจจัยทางด้านพันธุกรรม ผู้ป่วยที่มีประวัติพ่อหรือแม่เป็นโรคภูมิแพ้ มักมีโอกาสเสี่ยงเป็นโรคภูมิแพ้ถึงร้อยละ 20-40 และร้อยละ 50-80 ในกรณีที่พ่อและแม่เป็นโรคภูมิแพ้ โดยที่อาจจะไม่ได้เป็นภูมิแพ้ชนิดเดียวกันหรือแพ้สารก่อภูมิแพ้ชนิดเดียวกัน ก็ตาม

ปัจจัยทางด้านสิ่งแวดล้อม ผู้ป่วยโรคภูมิแพ้ร้อยละ 15 ไม่ได้มีพ่อหรือแม่ที่เป็นโรคภูมิแพ้ แต่เกิดจากการอยู่อาศัยในสิ่งแวดล้อมที่มีสารก่อภูมิแพ้อยู่เป็นจำนวนมาก เช่น ไรฝุ่น แมลงสาบ การเลี้ยงสัตว์ที่มีขนในบ้าน เช่น สุนัข แมว ตลอดจนการได้รับมลพิษทางอากาศ เช่น ควันจากท่อไอเสียรถยนต์ ควันจากโรงงานอุตสาหกรรม ควันบุหรี่ หรือการรับประทานนมสัตว์ เช่น วัวหรือแพะ รวมทั้งนมถั่วเหลืองในช่วงอายุ 6 เดือนแรกหลังคลอด แทนที่จะเป็นนมแม่ ก็เป็นปัจจัยเสียงที่ก่อให้เกิดโรคภูมิแพ้ได้ เช่นกัน