เพราะการแพ้อาหารแบบแฝง (Food Intolerance) นั้นแตกต่างไปจากการแพ้อาหารแบบเฉียบพลัน (Food Allergy) ที่จะแสดงอาการให้เห็นทันทีหลังสัมผัสสารก่อภูมิแพ้ แต่การแพ้อาหารแบบแฝงจะเกิดขึ้นหลังจากการรับประทานอาหารชนิดเดิมอย่างซ้ำๆ จนระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายเข้าใจว่าอาหารนั้นเป็นสิ่งแปลกปลอม อาการจะแสดงแตกต่างกันออกไปในแต่ละบุคคล และไม่แสดงอาการในทันที มักจะเกิดหลังรับประทานอาหารที่แพ้แล้วหลายวัน ทำให้สังเกตได้ยาก และทำให้ไม่สามารถระบุชนิดอาหารที่แพ้ได้ อาการที่เกิดขึ้นนั้นจะมีความหลากหลาย เรื้อรังแต่ไม่รุนแรง เช่น ปวดศีรษะเรื้อรัง ไมเกรน ภาวะสมาธิสั้น คัดจมูก น้ำมูกไหลเรื้อรัง ผื่นลมพิษเรื้อรังไม่ทราบสาเหตุ ท้องเสีย ลำไส้ระคายเคือง ลำไส้อักเสบ ท้องผูก จุกเสียดแน่นท้อง น้ำหนักขึ้นง่าย ปวดกล้ามเนื้อ

หากเรายังรับประทานอาหารตัวที่ก่อให้เกิดปฏิกิริยานี้สะสมต่อเนื่องก็อาจก่อให้เกิดปัญหาเรื้อรัง ภูมิคุ้มกันอ่อนแอ หรือแม้แต่เกิดการรบกวนระบบประสาทและความจำ เช่น ในภาวะสมาธิสั้น ไมเกรน เป็นต้น